Lista kursów

English version

Kod kursu: BIS10017o14
Rok / Semestr: 2014/2015 letni
Nazwa: Bazy Danych
Kierunek: Bioinformatyka
Typ studiów: I st. - licencjackie
Rodzaj kursu: Obligatoryjny
Semestr studiow: 3
Punkty ECTS: 5
Formy kształcenia (wykłady / ćwiczenia / inne): 15 / 30 / 0
Prowadzący: dr Wojciech Jakubowski
Język: polski


Efekty kształcenia: Wiedza: - zna strukturę relacyjnej bazy danych, potrafi prowadzić jej normalizację oraz sformułować proste zapytania w języku zapytań SQL. [BI_W10, BI_W11, BI_W12, BI_W14] - ma opanowane metody przetwarzania płaskich baz danych sekwencji nukleinowych i białek, potrafi określić miarę dopasowanie dwóch sekwencji – rozumie znaczenie funkcji kary; potrafi napisać skrypt wyszukujący sekwencje zawierające zadane wzorce. [BI_W10, BI_W11, BI_W12, BI_W14]. Umiejętności: - opanował strukturę relacyjnych baz danych; rozumie znaczenie normalizacji bazy, potrafi napisać polecenie SQL-owe edytujące i przeszukujące istniejącą relacyjną bazą danych. [BI_U01, BI_U04, BI_U06, BI_U09] - zna struktury tekstowych baz danych sekwencji nukleinowych oraz białek, potrafi w języku python wczytać kolejne sekwencje do pamięci komputera; rozumie i zna algorytmy dopasowania dwóch sekwencji – potrafi wykorzystać różne funkcje kary; zna algorytmy przeszukiwania sekwencyjnych baz danych. [BI_U01, BI_U04, BI_U06, BI_U09]. Kompetencje: Student jest przygotowany do współpracy z różnymi systemami baz danych stosowanych w bioinformatyce, potrafi współdziałać i pracować w grupie, dostrzega potrzebę stałego aktualizowania umiejętności informatycznych [BI_K02, BI_K08].

Kompetencje: Ukończenie kursu pozwoli na efektywne korzystanie z istniejących baz danych, tworzenie sensownych baz do wykorzystania osobistego lub we własnym zespole oraz na swobodne wykorzystanie informacji pobranej z baz danych.

Wymagania wstępne: matematyka, technologia informacyjna.

Treści kształcenia: Bazy kartotekowe i relacyjne. Schemat relacyjnej bazy danych. Zarządzanie bazami relacyjnymi. Normalizacja schematu relacyjnego. Język zapytań SQL. Bazy sekwencji kwasów nukleinowych i białek. Postacie baz sekwencji. Algorytmy dopasowania sekwencji. Funkcje kary. Zastosowanie macierze punktacji PAM i BLOSUM. Algorytmy przeszukiwania baz sekwencji.

Literatura: 1. Date C. J.: Relacyjne bazy danych dla praktyków, Helion 2006; 2. Hernandez M. J.: Bazy danych dla zwykłych śmiertelników. Mikom 2004; 3. Higgs, P. G., Attwood T. K.: Bioinformatyka i ewolucja molekularna. PWN 2008; 4. http://wazniak.mimuw.edu.pl/index.php?title=Bazy_danych 5. Dokumentacja wybranych baz bioinformatycznych (Fasta, Prosite, GenBank) 6. Dokumentacja wybranych systemów zarządzania relacyjnymi bazami danych (MySQL, PostgreSQL)

Metody oceny: Zaliczenie przedmiotu: Studentów posiadających zaliczenie ćwiczeń obowiązuje pisemny egzamin w sesji egzaminacyjnej. Egzamin trwa 90 minut. Jeśli egzamin nie zostanie zliczony w pierwszym terminie student ma prawo ponownie go zdawać w terminie poprawkowym. Zaliczenie ćwiczeń: na podstawie regularnej pracy, jednego sprawdzianu (język SQL) oraz indywidualnego projektu; minimalny zasób wiedzy do zaliczenia: 60%.

Uwagi: