Lista kursów

English version

Kod kursu: BIS20096f15
Rok / Semestr: 2015/2016 zimowy
Nazwa: Analiza danych pochodzących z sekwencjonowania następnej generacji
Kierunek: Bioinformatyka
Typ studiów: II st. - magisterskie
Rodzaj kursu: Fakultatywny
Semestr studiow: 3
Punkty ECTS: 6
Formy kształcenia (wykłady / ćwiczenia / inne): 30 / 30 / 0
Prowadzący: prof. dr hab. Joanna Szyda
Język: polski / angielski
The course taught in English if the group has ≥6 students. The course taught in Polish with a possibility of support in English if the group has <6 students

Efekty kształcenia: Wiedza W1 – ma ogólną wiedzę z zakresu technik sekwencjonowania pierwszej i drugiej generacji [BI2_W07_TP]; W2 – posiada wiedzę na temat wykorzystania różnych systemów komputerowych w biologicznej analizie danych, zwłaszcza systemu operacyjnego Linux [BI2_W16]; W3 – rozumie podstawowe algorytmy używane w oprogramowaniudo analizy NGS [BI2_W14_BP]. Umiejętności U1 – potrafi posługiwać się podstawowymi komendami środowiska Linux, zna podstawy języka skryptowego bash [BI2_U01; BI2_U02 ]; U2 – obsługuje programy przeznaczone do analizy danych NGS [BI2_U04; BI2_U05; BI2_U08_TP]; U3 - rozróżnia i potrafi opisać wszystkie etapy analizy danych NGS oraz formaty danych potrzebnych do tej analizy [BI2_U08_TP]. Kompetencje społeczne(postawy) K1 – potrafi zaplanować eksperyment, organizować proces uczenia się i pracę własną [BI2_K01, BI2_K05]; K2 - ma świadomość efektywności realizowania zadań w zespole [BI2_K02]; K3 – zna zasady BHP obowiązujące w pracowni komputerowej [BI2_K06].

Kompetencje:

Wymagania wstępne:

Treści kształcenia: Poznanie procesów sekwencjonowania ze szczególnym uwzględnieniem techniki sekwencjonowania nowej generacji (NGS); praca w systemie operacyjnym Linux; programowanie w języku skryptowym bash; edycja danych NGS; przyrównanie do genomu referencyjnego; składanie sekwencji de novo; wyszukiwanie wariantów polimorficznych; poznanie oprogramowanie służącego do edycji danych, przyrównania do genomu referencyjnego oraz poszukiwania wariantów genetycznych

Literatura: 1. Negus C: Linux bible, Wiley Publishing 2010; 2. Sarath L.: Skrypty powłoki systemu Linux. Receptury, Helion, Warszawa, 2012.

Metody oceny: Zaliczenie przedmiotu:Studentów posiadających zaliczenie ćwiczeń obowiązuje praktyczny egzamin z wykorzystaniem komputera (4-8 otwartych pytań i/ lub zagadnień obliczeniowych) w sesji egzaminacyjnej. Egzamin trwa maksymalnie 90 minut. W czasie egzaminu student ma prawo do korzystania z notatek, lecz nie może komunikować się z innymi osobami. Jeśli egzamin nie zostanie Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu - zliczony w pierwszym terminie student ma prawo ponownie go zdawać w terminie poprawkowym. Zaliczenie ćwiczeń: Na podstawie średniej ocen z przygotowywanego przez studentów projektu, oraz dwóch sprawdzianów pisemnych. Na ewentualne podwyższenie oceny ma wpływ aktywny udział studenta w ćwiczeniach. Obecność na ćwiczeniach jest obowiązkowa; student może mieć tylko jedną nieusprawiedliwioną nieobecność. W przypadku nieobecności student jest zobowiązany do samodzielnego uzupełnienia odpowiedniej części materiału.

Uwagi: