ECTS
Katalog kursów ECTS
Szczegóły kursu
Kod kursu: NBSS10141o11Rok / Semestr: 2011/2012 zimowy
Nazwa: Podstawy bioinformatyki
Kierunek: Biotechnologia
Typ studiów: I st. - inżynierskie
Rodzaj kursu: Obligatoryjny
Semestr studiow: 7
Punkty ECTS: 1
Formy kształcenia (wykłady / ćwiczenia / inne): 12 / 0 / 0
Prowadzący: dr inż. Wojciech Barszczewski
Język: polski
Efekty kształcenia: Studenci potrafią posługiwać się bazami danych związanych z sekwencjami białkowymi jak i genowymi, efektywnie wykorzystywać model danych NCBI, GenBanku oraz Génolevures. Potrafią dopasowywać sekwencje, tworzyć i wprowadzać sekwencje do baz danych, dokonywać analizę filogenetyczną oraz porównawczą genomów.
Kompetencje: Studenci rozumieją strukturę baz danych, potrafią wykorzystywać tą wiedzę podczas analizy nieznanych sekwencji aminokwasowych oraz genomowych.
Wymagania wstępne: Biochemia, Mikrobiologia ogólna, Biologia molekularna
Treści kształcenia: Podstawy Internetu i poczty elektronicznej, model danych NCBI (PUBs, Seq-id, Biosem, Seq-annot, Seq-descr), GenBank (pierwotne i wtórne bazy danych, anatomia plików), wprowadzanie sekwencji do baz oraz analiza porównawcza sekwencji, wizualizacja informacji strukturalnej, mapowanie genomów, FASTA, BLAST, metody przewidywania regionów kodujących w sekwencjach DNA, metody przewidywania sekwencji białek, składanie sekwencji, analizy filogenetyczne (metody tworzenia dendrogramów, programy filogenetyczne), analiza wieloskalowa (techniki wieloskalowej ekspresji genu, grupowanie hierarchiczne).
Literatura: 1. Bioinformatyka, podręcznik do analizy genów i białek, A.D. Baxaevanisa, B.F.F. Ouellette’a, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2005; 2. Podstawy wybranych procesów biotechnologicznych, rozdział 10: Wyszukiwanie informacji w Internecie, Stanisław Radzki, praca zbiorowa pod redakcją Jana Fiedurka, Wydawnictwo Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej, Lublin 2004; 3. internetowe bazy danych.
Metody oceny: Egzamin pisemny, egzamin praktyczny na sali komputerowej, minimalny zasób wiedzy do zaliczenia – 60%.
Uwagi: