ECTS
Katalog kursów ECTS
Szczegóły kursu
Kod kursu: BBS10064f12Rok / Semestr: 2012/2013 zimowy
Nazwa: BioPerl
Kierunek: Biologia
Typ studiów: I st. - licencjackie
Rodzaj kursu: Fakultatywny
Semestr studiow: 5
Punkty ECTS: 2
Formy kształcenia (wykłady / ćwiczenia / inne): 15 / 15 / 0
Prowadzący: dr hab. Joanna Szyda
Język: polski / angielski
Efekty kształcenia: Student zdobywa umiejętności programowania w języku bioperl w zastosowaniu do analizy struktur biologicznych kwasów nukleinowych i białek, tj.: analizie filogenetycznej, wyszukiwania genów i innych struktur DNA, manipulacje na sekwencjach, dostęp do internetowych i lokalnych baz danych.
Kompetencje: Ukończenie kursu umożliwia wykorzystywanie publicznych i lokalnych baz danych, przetwarzanie sekwencji aminokwasowych i nukleinowych, wyszukiwanie rejonów kodujących, promotorów, i innych obiektów w sekwencji DNA. Ponadto student posiada podstawową wiedzę o technikach programistycznych języka perl niezbędną do tworzenia i modyfikacji istniejących rozszerzeń języków perl i bioperl. Nabyte umiejętności można wykorzystać w pracy licencjackiej lub magisterskiej, w prowadzeniu badań naukowych oraz w pracy w jednostkach zajmujących się doradztwem genetycznym, biologią molekularną oraz tworzeniem oprogramowania dla biologii.
Wymagania wstępne: technologia informacyjna, genetyka ogólna
Treści kształcenia: programowanie, perl, bioperl, sekwencje nukleotydów, sekwencje aminokwasów, struktura białek
Literatura: Orwant, J., Hietaniemi, J., Macdonald, J. (2003) Algorytmy w perlu. Helion S.A.; Schwartz, R.L., d Foy, B., Phoenix T. (2006) Perl. Wprowadzenie. Helion S.A.; Schwartz, R.L., d Foy, B., Phoenix T. (2006) Perl dla średno zaawansowanych. Helion S.A.; Cozens, S. (2006) Perl.Zaawansowane programowanie. Helion S.A.; http://www.bioperl.org/;
Metody oceny: zaliczenie ćwiczeń na podstawie średniej z ocen zdobywanych w ciągu semestru (minimum 2,51) oraz projektu programu
Uwagi: