ECTS
Katalog kursów ECTS
Szczegóły kursu
Kod kursu: BIS10026o12Rok / Semestr: 2012/2013 letni
Nazwa: WPROWADZENIE DO BIOINFORMATYKI
Kierunek: Bioinformatyka
Typ studiów: I st. - licencjackie
Rodzaj kursu: Obligatoryjny
Semestr studiow: 4
Punkty ECTS: 5
Formy kształcenia (wykłady / ćwiczenia / inne): 15 / 30 / 0
Prowadzący: dr hab. Paweł Mackiewicz
Język: polski
Efekty kształcenia: Student w czasie kursu zapoznawany jest z teoretycznymi i praktycznymi podstawami różnych analiz bioinformatycznych na wszystkich poziomach organizacji informacji biologicznej. Szczególny nacisk kładziony jest na różnorodność baz danych, narzędzi i programów bioinformatycznych.
Kompetencje: Student po ukończeniu kursu potrafi przeszukać właściwe bazy danych i zastosować odpowiednie narzędzia bioinformatyczne do konkretnych problemów i zadań związanych z analizą danych biologicznych. Ukończenie kursu pozwoli na podjęcie pracy w jednostkach zajmujących się przetwarzaniem danych pochodzenia biologicznego, metodami komputerowymi (np. firmy i laboratoria bioinformatyczne i molekularne, jednostki badawcze i usługowe).
Wymagania wstępne: Biochemia, biologia komórki, technologie informacyjne, programy komputerowe
Treści kształcenia: Przedmiot i poziomy analiz genomiki i bioinformatyki. Etapy sekwencjonowania genomów. Rodzaje biologicznych baz danych. Problemy w bazach danych. Komputerowe identyfikowanie sekwencji kodujących białko u Prokaryota i Eukaryota. Struktura i organizacja genomów, analizy genomów, genomika porównawcza. Komputerowe analizy sekwencji RNA. Przyrównanie (dopasowanie) par sekwencji i wielu sekwencji. Poszukiwanie sekwencji podobnych w bazach danych (algorytmy FASTA, BLAST). Motywy i wzory w sekwencjach. Komputerowa analiza sekwencji białkowych, analiza podstawowych właściwości fizykochemicznych białka, poszukiwanie regionów transbłonowych, motywów i domen w białku, określanie struktury drugorzędowej białka. Bazy struktur przestrzennych, metody przewidywania struktury trzeciorzędowej, klasyfikacja strukturalna białek. Filogenetyka i ewolucja molekularna, tworzenie i ocena drzew filogenetycznych, filogenomika. Biologia systemowa.
Literatura: Baxevanis A.D., Ouellette B.F.F. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Wiley-Liss, Inc. 2005 (lub wersja tłumaczona na język polski Bioinformatyka podręcznik do analizy genów i białek wydana przez PWN, 2004) Claverie J.M., NotredameC. Bioinformatics For Dummies. Wiley Publishing, Inc. 2006 Higgs P.G., Attwood T.K. Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008 Hall B. Łatwe drzewa filogenetyczne. WUW, 2008 Jin X. Podstawy bioinformatyki, WUW, 2011
Metody oceny: Zaliczenie ćwiczeń - kolokwium praktyczne z wykorzystaniem komputera Egzamin w formie półtestu
Uwagi: