ECTS
Katalog kursów ECTS
Szczegóły kursu
Kod kursu: BIS10026o14Rok / Semestr: 2014/2015 letni
Nazwa: Wprowadzenie do Bioinformatyki
Kierunek: Bioinformatyka
Typ studiów: I st. - licencjackie
Rodzaj kursu: Obligatoryjny
Semestr studiow: 4
Punkty ECTS: 5
Formy kształcenia (wykłady / ćwiczenia / inne): 15 / 30 / 0
Prowadzący: dr hab. Paweł Mackiewicz
Język: polski
Efekty kształcenia: Wiedza: - student zna teoretyczne i praktyczne podstawy różnych badań bioinformatycznych na wszystkich poziomach organizacji informacji biologicznej, jak: rozpoznawanie sekwencji kodujących i inne analizy sekwencji nukleotydowych, analizy genomowe, przyrównywanie sekwencji, poszukiwanie sekwencji podobnych w bazach danych, analizy sekwencji białkowych, analizy filogenetyczne; zna podstawowe bazy danych związane z bioinformatyką i genomiką [BI_W07; BI_W09; BI_W10; BI_W11; BI_W12; BI_W13; BI_W14; BI_W15; BI_W17]. Umiejętności: - student potrafi przeszukać właściwe bazy danych i zastosować odpowiednie narzędzia bioinformatyczne do konkretnych problemów i zadań związanych z analizą danych biologicznych na poziomie sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych oraz całych genomów; potrafi przeprowadzić podstawowe analizy filogenetyczne [BI_U01; BI_U04; BI_U05; BI_U06; BI_U07; BI_U09; BI_U11; BI_U13]. Postawy społeczne: - ukończenie kursu przygotowuje do podjęcia pracy w jednostkach zajmujących się przetwarzaniem danych pochodzenia biologicznego metodami komputerowymi (np. firmy i laboratoria bioinformatyczne i molekularne, jednostki badawcze i usługowe) oraz uświadamia potrzebę ciągłego aktualizowania wiedzy w szybko rozwijającej się dziedzinie bioinformatyki [BI_K01; BI_K05; BI_K06; BI_K08].
Kompetencje: Student po ukończeniu kursu potrafi przeszukać właściwe bazy danych i zastosować odpowiednie narzędzia bioinformatyczne do konkretnych problemów i zadań związanych z analizą danych biologicznych. Ukończenie kursu pozwoli na podjęcie pracy w jednostkach zajmujących się przetwarzaniem danych pochodzenia biologicznego, metodami komputerowymi (np. firmy i laboratoria bioinformatyczne i molekularne, jednostki badawcze i usługowe).
Wymagania wstępne: biochemia, biologia komórki, genetyka, programy komputerowe, technologia informacyjna
Treści kształcenia: Przedmiot i poziomy analiz genomiki i bioinformatyki. Etapy sekwencjonowania genomów. Rodzaje biologicznych baz danych. Problemy w bazach danych. Komputerowe identyfikowanie sekwencji kodujących białko u Prokaryota i Eukaryota. Struktura i organizacja genomów, analizy genomów, genomika porównawcza. Komputerowe analizy sekwencji RNA. Przyrównanie (dopasowanie) par sekwencji i wielu sekwencji. Poszukiwanie sekwencji podobnych w bazach danych (algorytmy FASTA, BLAST). Motywy i wzory w sekwencjach. Komputerowa analiza sekwencji białkowych, analiza podstawowych właściwości fizykochemicznych białka, poszukiwanie regionów transbłonowych, motywów i domen w białku, określanie struktury drugorzędowej białka. Bazy struktur przestrzennych, metody przewidywania struktury trzeciorzędowej, klasyfikacja strukturalna białek. Filogenetyka i ewolucja molekularna, tworzenie i ocena drzew filogenetycznych, filogenomika. Biologia systemowa.
Literatura: 1. A.D. Baxevanis, B.F.F. Ouellette (red.), Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. Wiley-Liss, Inc. 2005 (lub wersja tłumaczona na język polski Bioinformatyka podręcznik do analizy genów i białek wydana przez PWN, 2004) 2. J.-M. Claverie, C. Notredame, Bioinformatics For Dummies. Wiley Publishing, Inc. 2006. 3. P.G. Higgs, T.K. Attwood, Bioinformatyka i ewolucja molekularna, PWN, 2008 4. B. Hall, Łatwe drzewa filogenetyczne. WUW, 2008 5. X. Jin, Podstawy bioinformatyki, WUW, 2011
Metody oceny: Zaliczenie ćwiczeń - kolokwium praktyczne z wykorzystaniem komputera Egzamin w formie półtestu
Uwagi: