Lista kursów

English version

Kod kursu: BIS10017o11
Rok / Semestr: 2011/2012 letni
Nazwa: BAZY DANYCH
Kierunek: Bioinformatyka
Typ studiów: I st. - licencjackie
Rodzaj kursu: Obligatoryjny
Semestr studiow: 4
Punkty ECTS: 4
Formy kształcenia (wykłady / ćwiczenia / inne): 15 / 30 / 0
Prowadzący: dr Wojciech Jakubowski
Język: polski / angielski


Efekty kształcenia: Po ukończeniu kursu student rozumie potrzebę strukturalizacji danych i rolę, jaką w tym procesie pełnią bazy danych. Potrafi wykorzystać standardowe narzędzia systemowe i użytkowe do nadania struktury prostym kolekcjom danych oraz do ich przeszukiwania. Zna założenia projektowe relacyjnych baz danych i potrafi zaprojektować bazę zgodnie z ich wymogami. Potrafi posłużyć się językiem SQL w celu pobrania danych z istniejącej bazy bioinformatycznej oraz wykorzystać je w dalszej analizie.

Kompetencje: Ukończenie kursu pozwoli na efektywne korzystanie z istniejących baz danych, tworzenie sensownych baz do wykorzystania osobistego lub we własnym zespole oraz na swobodne wykorzystanie informacji pobranej z baz danych.

Wymagania wstępne: Technologia informacyjna, matematyka, programy komputerowe

Treści kształcenia: Dopasowanie słów do wzorca, wyrażenia regularne. Metryki. Miary podobieństwa słów i obiektów. Przeszukiwanie tekstów pod względem dopasowania do zadanego wzorca. Struktury przechowywania danych. Klasyfikacja baz danych. Bazy kartotekowe i relacyjne. Zarządzanie informacją w bazach relacyjnych. Normalizacja schematu relacyjnego. Zarządzanie bazami relacyjnymi. Język SQL. Informacja o obiektowych bazach danych. Znaczenie baz danych w bioinformatyce.

Literatura: Hernandez M. J. (2004) Bazy danych dla zwykłych śmiertelników. Wydawnictwo Mikom Date C. J. (2006) Relacyjne bazy danych dla praktyków. Wydawnictwo Helion Ullman J. (2001) Podstawowy wykład z systemów baz danych. WNT Morzy T. (2008) Bazy danych. http://wazniak.mimuw.edu.pl/index.php?title=Bazy_danych Higgs, P. G., Attwood T. K. (2008) Bioinformatyka i ewolucja molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN Dokumentacja wybranych systemów zarządzania relacyjnymi bazami danych (MySQL, PostgreSQL, SQLite) Dokumentacja wybranych baz bioinformatycznych (ExPASy, Prosite, Gene Ontology, Promise)

Metody oceny: Zaliczenie ćwiczeń na podstawie regularnej pracy, 3 sprawdzianów oraz indywidualnego projektu Minimalny zasób wiedzy do zaliczenia: 60%

Uwagi: