Lista kursów

English version

Kod kursu: NBSS20176o12
Rok / Semestr: 2012/2013 zimowy
Nazwa: Bioinformatyka
Kierunek: Biotechnologia
Typ studiów: II st. - magisterskie
Rodzaj kursu: Obligatoryjny
Semestr studiow: 2
Punkty ECTS: 3
Formy kształcenia (wykłady / ćwiczenia / inne): 0 / 30 / 0
Prowadzący: dr inż. Xymena Połomska
Język: polski


Efekty kształcenia: Wiedza Student rozumie pojęcie oraz zna zakres nowej dziedziny wiedzy jaką jest bioinformatyka. Rozumie pojęcia sekwencji DNA i białek oraz znaczenie informacji w nich zawartej. Ma ogólną wiedzę na temat zasad działania i budowy najbardziej popularnych biologicznych baz danych. Potrafi wyjaśnić zasady działania najważniejszych, podstawowych narzędzi bioinformatycznych. oraz wyjaśnić najważniejsze informacje płynące ze stosowania tych narzędzi i analizy zawartości danych biologicznych. Umiejętności Student umie posługiwać się znanymi bazami danych biologicznych. Potrafi przeszukiwać bazy danych w kierunku zebrania literatury dotyczącej wybranego zagadnienia oraz informacji o sekwencji danego genu lub białka. Potrafi przeprowadzić analizę porównawczą sekwencji DNA i białek, dokonać interpretacji wyników oraz postawić prawidłowe wnioski. Umie posługiwać się narzędziami portali typu ExPASy, PDB, SGD.

Kompetencje: Student wykazuje zrozumienie dla technik i możliwości nowej, prężnie rozwijającej się dziedziny wiedzy jaką jest bioinformatyka. Wykazuje zainteresowanie informacjami płynącymi z możliwości analizy sekwencji DNA dla społeczności ludzkiej oraz wykazuje chęć przekazania tych informacji społeczeństwu. Widzi możliwości płynące z informatyzacji społeczeństwa i doskonalenia umiejętności pracy z komputerami.

Wymagania wstępne: biologia molekularna, inżynieria genetyczna, znajomość języka angielskiego

Treści kształcenia: Biologiczne bazy danych: NCBI, GenBank, EMBL, DDBJ, PDB. Ich struktura, zawartość, sposoby przeszukiwania, formaty danych. Analiza porównawcza sekwencji DNA i białek (różne wersje programu BLAST). Interpretacja wyników. Sposoby porównywania sekwencji. Macierze substytucji. Możliwości portalu ExPASy. Dostępne bazy danych. Programy do analizy danych z zakresu m.in. proteomiki, genomiki, transkryptomiki, filogenetyki i in. Omówienie przykładowych baz danych (UniProt, NextProt, ViralZone, HAMAP itp.) oraz narzędzi do analizy danych (FindPept, MultiIdent, PeptideCutter, PeptideMass, TagIdent). Zastoswanie narzędzi tj. Translate, Transeq, Three-/one-letter Amino Acids' Сodes. Poszukiwanie regionów transbłonowych w sekwencjach białek za pomocą programow: ProtScale, DAS, HMMTOP, PHOBIUS, TMHMM, TopPred. Program Clone Manager- symulacja klonowania, projektowanie starterów. Program ClustalW- analiza porównawcza sekwencji białek.

Literatura: 1.Internetowe bazy danych; 2.Bioinformatyka, podręcznik do analizy genów i białek, A.D. Baxaevanis, B. F. F. Ouellette, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2005; 3. Bioinformatyka i ewolucja molekularna, P. G. Higgs, T. K. Attood, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2008

Metody oceny:

Uwagi: